轨迹踏上全新旅程的版下故事。本作描绘了少女艾丝蒂尔为了寻找在前作结局中突然不见踪影的载S正版少年约书亚，

《空之轨迹 the 2nd》为故事RPG《空之轨迹 the 1st》的分流正统续作。